De geschiedenis van de stad gaat terug op een nederzetting uit de negende eeuw.
De Hollandse graaf Dirk IV bouwde er in 1048 een burcht en Willem II verleende de plaats in 1236 stadsrecht.
Visserij en vrachtvaart op de landen van West- en Noord-Europa brachten de stad in de veertiende eeuw tot bloei. Een kreek, die uitmondde in de Gouwe (het water dat Schouwen en Duiveland scheidde) vormde een natuurlijke haven.
Zierikzee was lid van de Hanze en had, als alle andere Nederlandse handelssteden, op het Scandinavische schiereiland Schonen (Skåne) een eigen "witte" stukje grondgebied waarop het recht van Zierikzee gold.
De schippers en kooplui verbleven hier soms enkele maanden voor de haringvangst en de jaarmarkten.
In 1595 werd begonnen met de aanleg van een nieuwe haven, maar dat kon het verval in de 17e eeuw niet stuiten. Het aantal inwoners liep sterk terug. Tegen 1800 was Zierikzee een vrijwel dode stad geworden, waardoor mogelijk zo'n groot aantal historische gebouwen bewaard zijn gebleven.
Het silhouet van de stad wordt beheerst door de toren van de in 1832 afgebrande St. Lievens Monsterkerk uit 1454. De toren is 58 meter hoog en had met 207 meter de hoogste van de wereld moeten worden. Het vergaan van de handelsvloot op de rede bracht de bouw tot stilstand.
Doordat bijna alle kerkelijke doop-, trouw- en begraafregisters van Zierikzee in 1940 in Middelburg zijn verbrand (alleen het R.K. Trouwboek 1761-1810 bleef bewaard), wordt een genealogisch oderzoek in Zierikzee en andere plaatsen ernstig bemoeilijkt.
Een verbinding van de Zierikzee-tak met de Zuidelijke Nederlanden en daarmee wellicht ook met de Tilburg-tak lijkt heel wel mogelijk.
Dit omdat als gevolg van de splitsing van de Zeventien Provinciën op het einde van de 16e eeuw veel Zuidnederlanders naar het noorden trokken. Bovendien komt de echtgenote van de oudste tot nu toe gevonden voorvader (Christiaan) uit de Belgische plaats Diest en is de regelmatig gebruikte naam "Gilles" een in België veel gebruikte voornaam.
Voor meer informatie over Zierikzee wordt verwezen naar de officiële website van deze plaats:
St. Lievens Monstertoren Zierikzee